【区别一】

两者都可用作表语，表示“一定”或“确信”，一般可互换。用法上注意以下几点：

(1) 后接不定式时，表示说话人的看法，意为“一定会”、“肯定会”。如：

He’s certain [sure] to win. 他一定会成功。

He’s certain [sure] to come. 他肯定会来。

(2) 后接“of＋名词(或动名词)”或后接 that /whether 从句等，表示句子主语的信念，意为“确信”、“自信”。如：

He is certain [sure] of success. 他确信会成功。

He is certain [sure] of winning. / He is sure [certain] that he will win. 他自信会赢。

I’m not certain [sure] (whether) I’ll be able to come. 我不敢肯定是否能来。

【区别二】

只能用 certain 而不能用 sure 的情形：

(1) 当句中用了形式主语或形式宾语 it 时：

It’s certain that he’ll come tomorrow. 他明天肯定会来。

I thought it certain that he would be late. 我肯定他会迟到。

(2) 当表示“某一”、“某些”等时：

A certain Mr Green wants to see you. 有个叫格林先生的人想见你。

Certain plants are good to eat but others are not. 有些植物好吃, 而其它一些则不好吃。

【区别三】

在 Be sure (not) to do sth.(一定要或不要做某事) 结构中通常不用 certain (偶尔也用 certain，但学生不宜模仿)。如：

Be sure not to forget it. 千万别忘记啦。(from www.yywords.com)

Be sure to turn off the light when you go to bed. 上床睡觉时一定要关灯。

【区别四】

用于 for certain /for sure, 意为“肯定地”、“确切地”等，两者可互换。如：

I can’t say for certain [sure] when he will come. 我不敢肯定地说他什么时候来。

No one knows for sure [certain] what happened to her. 没有人确切地知道她出了什么事。

【区别五】

用于 make certain / make sure，意为“弄清楚”、“弄得有把握”，两者可互换。如：

They made certain [sure] (that) they weren’t late. 他们有把握不迟到。

I think there’s a train at 10：40, but you’d better make certain [sure] (of it).

我想10：40是有趟火车，但你最好去核实一下。